目前百日咳常用的实验室确诊方法有三种：培养、PCR测核酸、血清学方法测百日咳毒素抗体。各有优缺点，下面一一叙述。

PCR进行核酸检测是第一推荐。敏感性及特异性高，且出结果快速，可满足临床诊断需要。很多指南、建议均说PCR检测需要的设备昂贵，费用高，技术复杂，其实这都是数年前的事了，现医院以上都有实时定量PCR仪，具备了开展该项检测的条件，均可以开展百日咳核酸的检测。关键是确诊了百日咳就可以明显降低抗生素的过度使用。因为儿童，尤其是小婴儿是症状严重的主要人群，如果不能确诊，往往由于严重的症状，促使给予广谱抗生素治疗，而且还是无效的。该实验缺点是实验环境要求高，避免标本被周围环境污染；因为检测的核酸，不能区分是否是活的细菌。

培养是金标准，但是阳性率低，培养要求高，培养周期长，少则3～5天，多则1周以上。而且受标本采集质量、抗生素应用、疫苗的影响。并且具备培养条件后，也需要临床与微生物之间的通力合作，需要较长时间，甚至数月、数年的摸索，才能获得稳定的培养结果。优点是可以获得百日咳菌株，并可以进行药敏试验，治疗效果不佳，可参照药敏结果，调整抗生素。

抗体的检测适用年龄为年长儿及成人，而对明确诊断迫切需要的是小婴儿，所以该种检查方法的必要性就打了折扣。另外一个更加重要的一个原因，就是该项检查需要抽血，这对一个小婴儿来说是极其困难的，也是家长最不愿意的。而且需要进行发病初期和恢复期各进行一次抽血，痛苦较大，而且不能满足临床诊断对时效性的要求。单次的结果容易受到感染时间、疫苗等多种因素影响。比如抗体阴性，不能排除，因为感染时间尚短，机体尚未产生抗体。抗体阳性，不能诊断现症感染，因为接种疫苗也会引起抗体阳性，另外还有胎传抗体问题，所以在分析结果时也有很多困惑。该项检查往往作为PCR及培养均为阴性，而临床高度怀疑百日咳时进行的检验手段。优点是检测方法成熟，需要的设备简单，具备酶标仪及试剂盒就可以了。

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